A legislação prevê que as empresas deverão manter empregados uma cota de Pessoas com Necessidades Especiais (PNEs), ou Pessoa com Deficiência, como se refere o legislador. Para cumprir a cota a empresa deverá manter contratados o percentual de dois a cinco por cento de seus cargos com pessoas com deficiência ou com beneficiários reabilitados da Previdência Social, na seguinte proporção:
I – de cem a duzentos empregados, dois por cento;
II – de duzentos e um a quinhentos empregados, três por cento;
III – de quinhentos e um a mil empregados, quatro por cento; e
IV – mais de mil empregados, cinco por cento.

📌No caso da cota de PNEs, a IN 02, de 8 de novembro de 2021, do Ministério do Trabalho e Previdência, o art. 86, prevê:
§ 1º Para efeito de aferição dos percentuais dispostos no caput, será considerado o número de empregados da totalidade dos estabelecimentos da empresa. (grifo nosso)
§ 2º Incluem-se na base de cálculo:
I – os trabalhadores com a condição de pessoa com deficiência ou reabilitado pelo Instituto Nacional do Seguro Social pertencentes ao quadro de empregados da empresa; e
II – os empregados contratados sob a modalidade de contrato intermitente previsto no artigo 452-A da Consolidação das Leis do Trabalho, aprovada pelo Decreto-Lei nº 5.452, de 1943.
§ 3º Excluem-se da base de cálculo os aprendizes contratados diretamente pela empresa, com e sem deficiência, e os aposentados por invalidez.
§ 4º Não serão computados para preenchimento da reserva legal de cargos, mesmo que com a condição de pessoa com deficiência ou reabilitado pelo Instituto Nacional do Seguro Social:
I – os aprendizes;
II – os aposentados por invalidez;
III – os empregados com contratos de trabalho intermitente.

👉Assim, no caso, o cálculo da cota de PNEs é feito pelo total de empregados de todos os estabelecimentos da empresa, excluindo-se apenas os aprendizes e os aposentados por invalidez.